ООО "ИННОЛ"

Воздействие пробиотической очистки на микробиотическую экосистему больничных поверхностей 4 часть

 

A   

   КРОВЬ   МОЧА

β-актин

panB кПЦР

spo0A кПЦР

 

B   spo0A кПЦР

Ось X: log10 числа геномных копий

Ось Y: значение Ct

 

Рис. 5. Анализ присутствиябацилл в клинических пробах пациентов с ИСМП. (A) Целую ДНК, выделенную из образцов крови и мочи шести пациентов, у которых за время исследования развилась та или иная ИПСМ, анализировали двумя разными методами кПЦР (Bsub ПЦР и BK1 ПЦР), специально предназначенными для выявления ДНК Bacillus spp. Кроме того, в качестве контроля использовали ПЦР, амплифицирующую ген β-актина человека. Продукты ПЦР электрофоретически отделяли и визуализировали после окрашивания агарозных гелей бромидом этидия. MW — маркер молекулярной массы; Blank — отрицательный контроль ПЦР; Ecoli — ДНК, выделенная из бактерий E. coli; Jurkat — ДНК человеческих T‑клеток Jurkat; Bclausii — ДНК из бактерий B. clausii, используемая в качестве контроля ПЦР;
1–10 — ДНК из клинических образцов крови и мочи. (
B) Ту же ДНК, выделенную из клинических образцов, анализировали Bacillus-специфическим методом spo0A кПЦР, позволяющим выявлять уже 10 геномных копий в каждой пробе. Калибровочная кривая была построена путем последовательного разведения ДНК Bclausii (синие и красные символы). Среднее число Ct, измеренное во всех клинических пробах, составило 44,2 (показано красной линией).

doi:10.1371/journal.pone.0148857.g005

 

Воздействие микробиологической очистки на лекарственную устойчивость микробиоты больничных поверхностей

Чтобы охарактеризовать профиль устойчивости всей микробиоты, заражающей больничные поверхности, к антибиотикам, целую микробную ДНК, выделенную из общей микробной популяции, существующей на поверхностях, анализировали с использованием микрочипа кПЦР, позволяющего одновременно выявлять и количественно определять 84 разных гена устойчивости (R‑гена) к антибиотикам, включая все классы антибиотиков.

Этот метод позволил нам оценить резистом популяции в целом, вместо анализа лишь отдельных видов, что дало важную информацию об общей резистентности, изначально свойственной резидентной микробиоте, а также о любой потенциальной изменчивости характера резистентности.

Результаты показывают, что на момент T0 (до начала очистки по системе PCHS) в микробиоте присутствовало несколько R‑генов, связанных с устойчивостью к β-лактамам, макролидам, хинолонам и метициллину. В табл. 1 перечислены наиболее репрезентативные R‑гены на момент T0, судя по значениям Ct, полученными при амплификации в кПЦР (произвольно установленным на уровне Ct≤34, который соответствует примерно 100 копиям R‑гена на мкг бактериальной ДНК) (S1 Fig). Следует отметить, что особенно часто встречался ген mecA, кодирующий устойчивость к метициллину: среднее значение Ct составило примерно 27,5, что соответствует 2x106 копиям гена на мкг бактериальной ДНК, или примерно 2x108 бактериальных клеток. В большом количестве также были представлены ген, идентифицирующий вид S. aureus, который чаще ассоциируется с этим типом резистентности, и ген spa, кодирующий фактор вирулентности Saureus: средние значения Ct составили 23,6 и 24,8 соответственно, указывая на то, что стафилококки были важным фактором загрязнения поверхностей и что, как минимум, часть этих бактерий составлял устойчивый к метициллину S.aureus (MRSA).

 

Таблица 1. Гены устойчивости, выявленные в микробиоте больничных поверхностей

Ген устойчивости

Лекарственный препарат

Бактерии

AAC(6)-Ib-cr

Фторхинолоны (ципрофлоксацин)

Enterobacteriaceae (K. pneumoniae)

IMI & NMC-A

Карбапенемаза

Enterobacteriaceae (K. pneumoniae)

SHV(156D)

БЛРС

Enterobacteriaceae

SHV(156G)

БЛРС

Enterobacteriaceae

SHV (238G240E)

БЛРС

Enterobacteriaceae

SHV (238G240K)

БЛРС

Enterobacteriaceae

SHV(238S240E)

БЛРС

Enterobacteriaceae

SHV(238S240K)

БЛРС

Enterobacteriaceae

ccrA

Рекомбиназа (кассетная хромосома mec)

Staphylococci, Enterobacteriaceae

Группа VIM-1

Металло-β-лактамаза

Enterobacteriaceae

VIM-13

Металло-β-лактамаза

Enterobacteriaceae

Группа OXA-50

Карбапенемаза

Грамотрицательные

Группа OXA-51

Карбапенемаза

Грамотрицательные

ermA

Макролиды (эритромицин)

Стафилококки, стрептококки

ermB

Макролиды (эритромицин)

Bacillus, Bacteroides, Clostridium, Enterococcus, Escherichia, Lactobacillus, Neisseria, Staphylococcus, Streptococcus

ermC

Макролиды (эритромицин)

Bacillus, Lactobacillus, Neisseria, Staphylococcus

mefA

Макролиды (эффлюкс-помпа)

Bacteroides, Clostridium, Enterococcus, Fusobacterium, Neisseria, Staphylococcus, Streptococcus

msrA

Макролиды (эффлюкс-помпа)

Corynebacterium, Enterococcus, Pseudomonas, Staphylococcus, Streptococcus

oprm

Эффлюкс-помпа, вызывающая множественную лекарственную устойчивость

Pseudomonas

tetB

Тетрациклин (эффлюкс-помпа)

Escherichia, Haemophilus, Neisseria, Pseudomonas, Salmonella, Serratia, Shigella, Streptococcus, Vibrio, Yersinia

mecAβ-лактамаза, метициллинEnterococcus, Staphylococcus

Размещено: 01.12.2017. Осталось - 360 дней.

Просмотров: 189